黑河市第二人民医院前身是爱辉县人民医院，1993年撤地建市后更名为黑河市第二人民医院，隶属于爱辉区管理。1996年通过卫生部二级甲等综合医院评审，1997年通过卫生部“爱婴医院”验收，2004年晋升“省级文明单位”，2005年获得“黑龙江省改善发展环境百面旗竞赛先进单位”称号，2006年被评为“全省卫生系统行风建设先进集体。”
医院占地面积1万平方米，建筑面积1.4万平方米，医疗用房1.2万平方米。现有在职职工265人，卫生专业技术人员229人，主任医师5名，副主任医师35名，中级职称107名。医院开放病床200张，设6个住院病区，临床科室16个，医技科室9个，行勤科室11个，心内科是全市的重点专科，检验科是唯一获得全省六项质控全优的科室。拥有全身螺旋ct机、心脏运动负荷测试系统、彩色b超，数字程控x光机、血气分析仪、三维腰椎治疗牵引床、电子胃镜、全自动生化分析仪、数字电子阴道镜、leep刀等高、精医疗设备85台（件），确保了诊疗手段的现代化和高质量要求。
2003年，该院楼房改造作为爱辉区的一项民心工程，在区委、区政府的大力支持下，总投资1200万元人民币，当年建成了5500平方米的现代化门诊大楼，扩建了1200平方米普通病房和800平方米的老干部病房，维修病房4000平方米，新建面积达7500平方米。如今的门诊和病房楼环境优雅，设备齐全，病房增设高级病房和特需病房，内置电梯，中央供氧系统、自动呼叫系统，彻底改变了昔日医院脏、乱、差的面貌，为广大患者求医治病提供了舒适的诊疗环境。